32年04月成立物性研究所。
33年04月药学部从医学部分离，成为第十个学部。
37年04月成立海洋研究所。
38年04月人文科学、教育学、法学政治学、社会学、经济学5大研究科创立，现代研究生院雏形初现。
39年02月制定东京大学名誉教授称号授与规则。
39年04月成立宇宙航空研究所（航空研究所废止）。
40年04月大学院生物系、数物系、化学系3个研究科改组，理学系、医学系、药学系、工学系、农学系5个研究科成立。
41年04月成立综合研究资料馆、大型计算机中心、保健中心。
42年06月成立医科学研究所。
42年06月设立低温中心。
43年03月为了反对东京大学实施登记医师制度代替现行的实习制度，医学院的学生发起了医学生运动，（东京大学安田讲堂事件）因此展开。在运动发起之后，抗争逐渐激烈，1968年3月12日的医学院综合中央馆、3月27日的安田讲堂一度遭到占领，原订于隔日举行的毕业典礼也因而中止。
45年04月成立放射性同位素综合中心。
47年05月成立原子能综合研究中心。
50年04月成立环境安全中心。
52年04月创立百年纪念典礼举行。
58年04月成立大学院综合文化研究科。
58年04月成立文献情报中心。
58年04月成立遗传子实验设施。
60年04月成立留学生教育中心。
61年04月文献情报中心废止，改为学术情报中心。
62年05月成立先端科学技术研究中心。
63年07月东京天文台废止，改为国立天文台。
平成时期（1989—）
02年06月留学生中心变更为留学生教育中心。
03年04月成立气候系统研究中心。
04年04月研究生院数理科学研究科成立。
04年04月人工物工学研究中心成立。
04年04月新闻研究所改组为社会情报研究所。
05年04月应用微生物研究所改组为分子细胞生物学研究所。
05年04月生物生产工学研究中心成立。
06年04月农学系研究科改名为农学生命科学研究科。
06年06月基本粒子物理国际研究中心成立。
07年04月社会学研究科废止，人文科学研究科更名为人文社会系研究科。
08年05月综合研究资料馆改组为综合研究博物馆。
08年05月大学综合教育研究中心成立。
08年05月国际产学共同研究中心成立。
08年05月大规模积集系统设计教育研究中心成立。
09年03月废止原子核研究所，改为高能加速器研究机构，并向全日本相关科研人员开放。
10年04月大学院新领域创成科学研究科设立。
10年04月驹场开放实验室成立。
10年04月空间情报科学研究中心成立。
11年04月先端经济工学研究中心成立。
11年04月高温等离子研究中心成立。
11年04月教育用计算机中心与大型计算机中心更名为情报基盘中心。
12年04月大学院学际情报学府成立。
12年04月医学教育国际协力研究中心成立。
13年04月大学院情报理工学系研究科成立。
13年11月创立东京大学名誉博士称号制度。
14年10月小柴昌俊名誉教授获诺贝尔物理学奖。
15年03月东京大学新宪章颁布。
16年03月废除社会情报研究所（并入大学院情报学环、学际情报学府）。
16年03月废除先端经济工学研究中心（并入先端科学技术研究中心）。
16年04月所有国立大学法人化，东京大学成立法人组织。
16年04月大学院法学政治学研究科开设法曹养成专业。
16年04月先端科学技术研究中心成为附属研究所。
16年04月特别荣誉教授制度创立。
17年03月原子能综合研究中心废止（成为工学系研究科原子力国际专攻的一部分）。
17年04月东京大学北京代表处成立。
19年11月东京大学举行成立130周年典礼。
22年03月东京大学行动计划发表。
22年04月留学生中心废止，成立国际本部。