入城后，刘石招贾诩、徐福、张松、彭脱等商议。
彭脱道：“如今南阳军、益州府与我雍州骠骑将军府刚刚整合，人心不稳，急需让各方各安其职，各府县有、有司治理，不然会出大问题。”
徐福道：“南阳军中三位柱石刚刚仙去，人心不稳，士卒犯疑，骠骑将军要早做决定。”
张松道：“益州虽然是刘璋暗弱，动乱常生，此时将军更应及早拿出治理措施，以安民心。”
刘石点点头，又与几人特别是张松、徐福就南阳军中人物及益州将吏能力进行了解后。
刘石宣布刘璋为雍州刺史，及早到任，刘真为安西将军兼益州刺史、张松为治中、严颜为别驾，费观、黄权为益州从事。彭脱为荆、益方面都督，徐福为军师中郎将，刘琦为荆州刺史，诸葛亮为军师从事，简雍、糜竺、孙乾、张逸为骠骑府从事，徐荣为护汉将军，陈到为平南将军，刘磐为忠勇将军，文聘为忠义将军，桌膺为勇义将军，何仪为归义将军，武安国为荡寇将军，霍峻为中郎将，陈军、张祥为中郎将，刘封、关平、廖化、周仓、王平为校尉，随骠骑府听用，其余吴懿、李严为中郎将，泠苞、邓贤为校尉。
人事任命完毕，刘石才命张松、贾诩对益州户、口、钱粮进行清理，命彭脱对南阳、益州军卒进行整合。
几天下来，共清理出益州有口约三百万人，另有夷人近百万人，两处部曲合计十三万人，不过有两万余人为老弱残兵，被彭脱一一清理出来，安置一处屯田。对有家口的退役归家，赏田一至三亩不等。
但刘石发现益州田地兼并严重，州中竟连几万亩公田都拿不出来，而且人口更是奇怪，前州牧接手时，益州户籍上有口四百余万人，而益州大族，所报奴仆数与在册人员极不相符，有的大族竟占有良田达几十万亩。而在土地兼并严重的地方，盗贼就多，郡县治安不靖，攻府、破县更是常事，益州州牧派驻的官吏，多次被杀，导致许多地方无人敢去就任，造成官府空缺，只能由当地大族自治。
刘石觉得其中必有疑，暗暗派杨丰扮成江湖游侠前去查探，回来后报知，这山贼中竟有大半与当地大族勾结，谋害官府，残害百姓，致部份百姓为自保不得不入山为匪。
刘石冷冷一笑，令贾诩、张松、张猛、阎行、吴懿组成三万大军征剿各处山贼，凡与山贼勾连残害过官府者，首恶必诛。
这时有消息传来道：“曹操已攻下丹阳、吴县，孙权退守桧稽。”
刘石一怔！暗道：“这曹操好快啊！”
令陈到、徐福率军两万前出夷道，防范曹操自荆州沿江水而上侵犯益州，又令陈军为将，张祥为辅，率军两万前去收复牂柯郡，然后直出荆南武陵与文聘汇合，自荆南袭扰曹军。
不到三月，广汉、蜀郡二郡平定，查出几十家豪族、士绅与山贼勾结，被刘石连根拨起，所得钱财几亿巨之多，良田过百万亩，清查出漏报奴仆达五万余人。
刘石大怒！令益州各郡速从实申报自家拥有奴仆数及良田亩数，按数交纳捐赋，服从劳役，一月内未报者，一旦清查出来，严惩不怠。
政令传出，南部数郡除部份郡守将使者都拒之郡外，更有郡府将使者杀害。特别是夷人，将派出使者杀害后，还将情不自禁尸体悬挂树上。
消息传来城都，刘石急忙招集众人商议。
张松道：“夷人不知礼节，又懒又愚，不事耕种，以打猎为生，生活极为穷困，其头人常向我汉人索要钱财、粮油盐等，不给就袭扰我大汉设置的官府及治下百姓。这几百年来，历来如此，难以根治。”
贾诩阴阴地道：“这夷人不过近百万人，只需将其迁下山，或迁来蜀中腹地，教化其识礼，知孝，其患自解。”
彭脱道：“主公！脱愿前去征讨，恢复我汉家河山安宁！”
刘石沉思片刻，道：“好！就由子真为南征都督，允许沿途任免、设置官府，遇事可与张松商议后自行决定。”随后又任命阎行、张猛为辅，领军五万南征。
彭脱出发后不久，刘真也来到益州，刘石等刘真接管益州之后，留下五千军卒，带领其余近两万大军出剑阁攻葭萌，又令刘风率五万大军出武都攻取阳平关，徐荣自西城攻新郑，杨奉自米仓道攻城固。
葭萌关守将马超知刘石来攻，出城来迎，刘石道：“马超！你父被曹贼害死，为国尽忠，你不思为父报仇，反而独守孤城，妄图阻挡天军，是何道理？”
马超道：“我当初本是要为父报仇，奈何西凉人势利，奉曹贼为父，与我作敌。我不敌只得走往汉中，本想请张祭酒助我攻取西凉，荆州之变，逼得我们不得不寻找安全后方。”
刘石道：“当初为何不投我？”
马超道：“谁人不知骠骑将军忠于汉室，虽拥兵自重，但从不与曹贼公开作对。我投将军，何异于自投罗网，将军接到曹贼书信，说不定将我卖了呢？”
“孟起何出此言？当初本公也是参与营救皇帝其中之一，难道你还不相信我吗？”刘石放缓语气道。
马超冷笑数声道：“骠骑将军是参与此事，不过只是从侧边呼应，不光没有损兵折将，反而得了不少好处。据说光迁移百姓就达近十万，获得曹贼所得袁绍的军用器械无数，再就是小小的偷袭了曹贼一把。也仅此而已。而曹贼回兵之后，骠骑将军撤军撤得比兔子