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元世祖建立元朝后，有意立真金为太子，定传子之局，可惜真金早死而使继承问题又浮现。元朝而后常因皇太子早死或兄弟争位而动荡不安，中期又有武仁之约的协定，武宗系与仁宗系交替继承皇位，然而又因元仁宗废除协定而再度混乱。元朝的继承问题直到元惠宗方稳定，但也进入元朝末期。
一省两院
元朝政治制度与金朝一样承袭宋朝制度，采取文武分权的制度，以中书省总理政务，枢密院掌管兵权。然而元朝的中书省已成为中央最高行政机关，元朝不设置门下省，尚书省时设时不设，仅元世祖时期与元武宗时期有设置，所以门下省与尚书省的权力皆交给中书省。
中书省统领六部，主持全国政务，形成明清内阁制的先驱。其组织架构继承南宋体制，宰相的称呼共有中书令、司统率百官与总理政务等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中书令缺则总领中书事务。平章政事又居次，凡军国重事，无不参决。副相方面有左右丞、参政等。六部共有吏部、户部、礼部、兵部、刑部与工部，内有尚书、侍郎。尚书省主要负责财政事务，不过时置时废。
枢密院执掌军事，御史台负责督察，与宋朝制度大致相同，然而在地方设有行中书省、行枢密院与行御史台。此外又有掌管学校的集贤院、掌管御膳的宣徽院、掌管驿传的通政院，其他还有太常礼仪院、太史院、太医院与将作院，略前代的九寺诸监。最后新成立的是宣政院(初名总制院)，负责佛教及吐蕃(今西藏)地区军政事务，这是前代所没有的。
选官制度
在人才选用方面，元朝前期极少举办科举，因此高级官僚的录用端看与元廷关系远近而决定，主要采取世袭、恩荫与推举制的方式。此外尚有循胥吏(小公务员)升进为官僚的方式，这与宋朝制度大异。宋朝官与吏的界限分明，胥吏大多以胥吏为终，然而元朝因为缺乏科举取才，就以推举或考试胥吏的方式晋升为官，这打破官吏屏障，使官吏成为上下的关系。科举选材方面，窝阔台汗听从耶律楚材建议，召集名儒讲经于东宫，率大臣子弟听讲。又置“编修所“于燕京，“经籍所“于平阳，倡导学习汉族古代文化，又在1234年设“经书国子学“，以冯志常为总教习，命侍臣子弟 18人入学，学习汉文化。并且于1238年以术忽德和刘中举办戊戌选试，此次科举取士录取4030人，并且建立儒户以保护士大夫。但最后仍废除科举，改采推举制度，往后于1252年与1276年两次共入选3890儒户。元世祖忽必烈即位后，正式设立了国子学，以河南许衡为集贤大学士兼国子祭酒，亲择蒙古子弟使教之，遍学儒家经典文史，培养统治人才。1289年元世祖下诏等级江南人口户籍，次年正式施行推举制度，此次等级成为后来户计的依据。直到1313年，提倡汉化运动的元仁宗下诏恢复科举，1314年八月在全国的17处考场，举行乡试，1315年二月和三月相继在大都举行会试和殿试(廷试)，因为是在延佑年间举行的，史称“延佑复科“，本次科举以程朱理学为考试的内容。元朝前后共举行过16次，选举蒙古、色目、汉人、南人进士约 1100余人。然而为了保障蒙古人与色目人，汉族的考试偏难，并且只能获得一半的名额，这也让蒙古与色目子弟失去了学习汉族文化的积极性和进取精神。虽然这是聊胜于无的科举，但在形式上已经恢复，汉族士大夫莫不对元廷忠心耿耿。在元朝灭亡之际，舍身殉国的就有很多是科举出身者，可见科举复办对怀柔汉族士大夫有一定效果。
货币制度与赋役
元朝为了加强对经济的统制，以使用纸币为主，铸造钱币比其他朝代为少。1260年元世祖发行了以丝为本位的交钞与以白银或金为本位的中统钞(中统钞没有设定流通期限)，钞币持有者可以按照法令比价兑换银或金，虽然其后曾一度废除，但持续使用到元朝末期，成为元朝货币的核心的纸币。全国各路都设有兑换的机关--“平准库“。兑换基金充足，准许兑现，兑换的时候征收两到三分的手续费(工墨钞)。1276年由于元廷大肆搜括，增发纸币，并将各路准备金银运往大都，引起物价上涨，纸钞贬值。1280年，纸币贬值成为原来的十分之一。1287年物价已经“相去几十余倍“了。为了稳定物价，元廷发行“至元宝钞“和中统钞并行。1350年元惠宗又发行“至正交钞“，发行不久，贬值严重，物价暴涨。事实上，民间的日常交易、借贷、商品标价等多有用银的。这时使用的白银，主要是银锭和元宝。
关于元朝的田赋，《元史·食货志一》说:“元之取民，大率以唐为法。其取于内郡者曰丁税，曰地税，此仿唐之租庸调也;取于江南者曰秋税，曰夏税，此仿唐之两税也。“这段话虽然并不确切，但至少说明了南北田赋制度的差异。中原田赋的征收大概始于耶律楚材辅政以后。在这之前蒙古帝国根本没有赋税之制。元朝行于江南的田赋制度基本上沿用了宋代的两税制。元朝人民还有一项很沉重的财政负担，即科差，是徭役向赋税转化的一种形式。
民族制度
推行汉法与抵制汉法
元朝在推行汉人的典章制度与维护蒙古旧法之间，时常发生冲突，并且分裂成守旧派与崇汉派。早在元太祖成吉思汗攻占汉地后，有赖耶律楚材与木