出于战争形势和实际战斗指挥需要，周士相决定组建军一级编制。根据他的要求，军部将从现有各镇中选出10个镇的精锐合编为5个军。每军下辖两镇，一个为纯火器镇，一个为步骑合编镇。各军实际定编战斗人员21000人，非战斗人员（后勤、参谋）2000。
新组建的军编制取消卫一级，由伍、队、营、团、旅、镇六级构成。
一军之将称为军长，以下为镇将、旅校、团长、营官、队正、伍长。军长为都指挥衔（正二品），镇将为指挥使衔（正三品），旅校为指挥同知衔（正四品）、团长为千户衔（正五品）、营官为百户衔（正六品）、队正为总旗衔（正七品）、伍长为总旗衔（正八品）。
各军仍编安军使，军一级安军使称总镇，指挥使衔（正三品），镇以下各级安军使依等降级，镇安军使为指挥同知衔（正四品），旅一级为指挥佥事衔（从四品），团一级千户衔（正五品）、营一级百户衔，队一级为总旗衔。伍一级不设安军使。
除正式确定各级指挥和安军使的职秩品级外，新建的军编制设参谋部，部之长官称参谋长，职衔略低军长和总镇，为从三品衔，负责一军日常训练和战斗指挥及情报搜集判断、军令文书等事。
军参谋部下辖战斗工兵（营编制）、传令特务兵（队编制）、作战参谋室（团编制）三个机构。
除新设参谋部外，军一级增设后勤司，司之长官称辎重官，衔定从四品的指挥佥事，下辖一个负责粮草辎重的运输营。除与军部直接交接粮草军饷事谊外，辎重官还要负责和地方对接，如军营安置、地方交道等事。
除增设参谋部、后勤司、取消卫一级编制外，各军训练和号令方面仍如从前。士兵仍分锐兵（老卒善战者）、选兵（新入军者），如需补充，则由在乡保安队挑选（备兵）。战功评定和晋升方面，暂不变动。
新建的这五个军将是太平军的五大主力，战斗在最前，补充也是最优。在军部提交的方案上，周士相第一次以公文形式明确了士兵退伍安置办法。此办法规定，士兵在军中服役满三年后，若未能晋升军官，则给予退役转乡安置。
因目前太平军治下还没有大规模的工业诞生，即周士相前世所知的国营企业，故而无法提供足够的工作岗位给这些退伍士兵，因此退伍兵的安置暂时只有县乡村的保安队和乡村一级政权的管理岗位可以接收落实。
除了安置外，士兵从军中退伍后，可以一次性领取相当于白银一百五十两的粮票，并且在地方有一定话语权，再结合其入伍后家庭可以得到的军属优待，意味着从今往后，士兵不再是单纯消耗的炮灰，而是一个可以提高改善家庭生活条件的好“工作”。前提是，能够活下来。当然，如果不幸战死，其家属也可以得到一笔数目不小的抚恤金。但，再多的钱都没有活着重要。
在一条条新建军的组建条例中，有一条外的让人动心。这一条便是士兵除了以战功晋升外，还可以通过考取太平军开办的武备学堂转为军官。
士兵退伍后，因为学识有限，大多只能安置在乡村，但军官若是退役，则可以在各级官府任职。如旅校如果退役，可以担任知府，总旗可以担任县令，不过在此之前，他们必须先在相关衙门历练一至三年，通过吏部的考核后方能实任。
这一条是周士相给自己部下在朝堂上开的一个后门，因为经过三大案、江南暴乱及南都正在发生的事情，他已经清楚认识到这个时代的读书人大半是不可能为他所用，所以他将过往对读书人的幻想彻底放下，转而开始全心全力打造扶持完全听命于自己的新官僚。
什么人和自己荣辱与共，什么人知道人活着最需要什么，什么人最能知道鞑虏的可怕，什么人才能毫不迟疑的支持自己，无疑，周士相认为的答案只有一个，那就是他麾下的太平军将士们。
虽然，大量的退役军官充实到地方大小衙门，会引起相当长时间的政务混乱，致使官府运作效率变得低下。毕竟，军官们习惯了带兵杀敌，习惯了在死人堆里打滚，心性上也不将人命不当一回事。并且军官的性格普遍暴躁，做事武断，和官场上的老油条比，缺乏经验，缺少圆通，有些事情由他们办的话，恐怕效果会适得其反。但周士相仍是毅无反顾的决定推行此办法，他也做好了面对麻烦的准备。
长痛不如短痛，只有将从上到下的军政体系都完全掌握在手中，只有上至内阁下至小吏都能以自己的理念为核心，并且坚决落实贯彻，周士相方有可能推动大明这辆已经残破的马车往前进。
只是，周士相却没有想到，当第一批退役军官进入各大小衙门“听政”后，报名参加太平军的读书人却一下多了起来，考武备学堂成了比考科举还要热门的所在。
千年以来，中国的读书人们还是第一次发现，报名参军除了可以在战场上杀敌立功做万户侯外，竟然还能通过考军校做到从前寒窗苦读，科举路上千军万马过求而不得的仕途之路。
当官，也不一定非要读圣贤书，只要识字，武备学堂同样能让读书人当官。
周士相大刀阔斧的批判旧儒学，结果最后，他发现其实不需要杀太多人，不需要一定将孔老二批臭驳臭，从神坛上扒下，读书人只要在军中走了一圈后，就会自动的替他驳斥腐朽的儒家思想。这一切