不过造反不相信眼泪。樊崇迅速组织政府机构。三公九卿班子一并齐全。樊崇很谦虚，只给自己挂了个御史大夫的职务。徐宣为丞相、逢安为左大司马、谢禄为右大司马。
刘侠卿为刘盆子制绛衣赤帻，轩车大马，使得服御乘坐。但刘盆子反视其为不便，依旧偷穿旧衣，与一群牧儿一起出外玩耍。最后逼得刘侠卿只能将其锢居一室，不准出入。樊崇等人也不常去问候，不过假借其名，号召天下罢了。
但不管如何，一切已准备就绪，赤眉军就要攻打长安城了！
7月5日，刘秀封年仅24岁的邓禹为大司徒、酂侯，食邑万户。接着就要选大司空和大司马。刘秀根据助他称帝的那《赤伏符》上的谶语“王梁主卫作玄武”11日，封王梁为大司空。还准备依谶语封一个名不见经传的平狄将军孙咸为大司马，这下众人都不干了。于是16日，吴汉被封为大司马。景丹为骠骑大将军、耿弇为建威大将军、盖延为虎牙大将军、朱祜为建义大将军、杜茂为大将军。
伏湛曾被刘玄任命为平原郡太守。当时天下大乱，伏湛却将平原郡治理得平平安安。刘秀此时便也让伏湛担任尚书，让他典定旧制。同时又因邓禹西征在外，刘秀拜伏湛为丞相司直，代邓禹行大司徒事。
邓禹在河东郡汾阴县渡过黄河，进入对岸的左冯翊夏阳县，并在衙县杀败刘玄手下的左辅都尉公乘歙的十余万兵马。
元氏王刘歙的从弟刘茂在河南郡的京、密二县之间自称厌新将军，后攻下颍川、汝南二郡，有众十余万。刘秀命景丹、耿弇、陈俊前去攻打。最后刘茂投降，被封为中山王。
7月，刘秀来到河内郡治怀县。命耿弇、陈俊屯军五社津，防备成皋、荥阳以东的敌军。再命吴汉率朱祜、岑彭、贾复、坚镡等11位将军，将朱鲔的洛阳城团团围住。8月，刘秀再进至河内郡河阳县。刘玄所封的廪丘王田立投降。
8月，李松从掫城回兵，与赵萌一起猛攻长安。连战月余，终于把王匡、张卬等人赶了出去。刘玄重回长信宫。然而正当刘玄沉浸于胜利的喜悦中时，一片恐怖的压城之云，已飘向了长安城。
这片黑云，不是邓禹大军，而是赤眉的虎狼之师！赤眉军已杀到了长安城东北、左冯翊的高陵县。王匡、张卬直接投降，然后帮助赤眉军一起攻打长安城的东都门。李松出战，被生擒。李松之弟李况是城门校尉，他主动打开城门，迎接赤眉军进城。
9月，赤眉军进城。刘玄单骑从厨城门再次逃出长安城。刘盆子的大哥、被刘玄封为式侯的刘恭因赤眉军拥立的是他三弟，不得不自系诏狱，等待刘玄发落。可现在刘玄都逃走了，刘恭只能带着枷锁来见定陶王刘祉，由刘祉为他除去枷锁。两人一起沿着渭河去追奔刘玄。
刘玄任命的右辅都尉严本此时心怀叵测，欲将刘玄献于赤眉以邀功。于是便以带兵保护为名，将刘玄劫至高陵县，派兵日夜监守。刘玄手下的将领纷纷投降赤眉军，只有丞相曹竟不降，被杀。
消息传来，刘秀很是厚道，6日专门下了一道诏书：封刘玄为淮阳王。且发表声明，如有敢胆诛杀刘玄者，以大逆罪论处；如有护送刘玄到我这边来的，将赐爵封侯。
19日，刘秀下诏：名冠天下，当受天下重赏。故封已70多岁的卓茂为百官之首的太傅、褒德侯。
刘秀尽管登基称帝了，可他还缺个像样的首都。而举天下之大，唯有两个地方最有王气：长安就别想了，刘秀只一心想着能定都洛阳。
此时，洛阳城已被团团包围，迟早会落到刘秀手里。可这个‘迟早’到底是什么时候呢？刘秀也不知道。转眼数月过去了，看着洛阳城里的朱鲔还在顽守，老实说：刘秀还真着急了！
人性都是有弱点的。只要抓住其弱点，便可事半功倍。就像对付李轶那样，不费一兵一枪就把他干掉了。那眼前这个朱鲔，到底用什么办法能搞定他呢？这时，刘秀想到了一招：既然朱鲔不吃硬的，何不试着喂他吃软的？刘秀就想到了一个人。
刘秀把岑彭召来“你现在是我的廷尉，但以前也曾是朱鲔的校尉。我派你个任务，前去说降朱鲔”岑彭领命，来到洛阳城下，与城上的朱鲔彼此相望。岑彭对着城上滔滔不绝做了半天思想工作。未了，朱鲔道“你讲的那些我都懂。可现在有两件事：1刘秀的大哥刘縯是和我李轶设计杀掉的；2我曾劝阻刘玄不要派刘秀去河北…如我现在投了刘秀，他会不会因忌恨这两件事而对我不利呢”
岑彭一想也对，这问题得先回去问问领导才行。于是他转头便走，把这些话原封不动的转述给刘秀。刘秀道“你去告诉朱鲔：做大事者，不会把这些小怨恨放在心上。只要他肯投降，我可保他官爵，更不会杀他了。有黄河作证，我刘秀绝不食言”
岑彭又跑回洛阳城下，把刘秀那番话对着城上的朱鲔喊了一遍。朱鲔听后，从城上放下一条软绳做的梯子，对着城下喊道“岑彭，如你说的是真的，就爬上来跟我好好谈谈”
岑彭望着绳梯，稍稍一愣，然后抓住绳子就要爬上去。这时，只见朱鲔在城上仰天大笑“行了，你不必上来了。我相信你”朱鲔告诉岑彭：他愿意投降，五天后一定亲往去见刘秀。
五天后26日，朱鲔真的出城了。但出发前，朱鲔命令诸将守守城池“你们一定要看好洛阳城。若我此趟我不能